Има достатъчно доказателства в подкрепа на безопасността на добавянето на малко количество фосфорна киселина към храната. Следователно използването на 0.01-0.02 процента като хелатиращ агент, антиоксидант или „синергист“ в смес от антиоксиданти не би трябвало да представлява опасност за здравето. Използването на фосфорна киселина за компенсиране на липсата на киселинност в плодовете, като ароматизираща съставка и други средства, не би трябвало да е проблем в рамките на "нормалния" диапазон на концентрация на естествено срещащи се фосфати в храната. Въпреки това, ако надвишава нормалния диапазон, фосфорната киселина е опасен химически реагент.
Поради своята киселинност фосфатът (ортофосфат, метафосфат) може да раздразни и увреди очите локално, но системният фосфат няма токсичен ефект върху очите. Когато се тества върху човешко око, буфериран до pH 2,5 при 0.16 M ортофосфат може да причини умерено и кратко изтръпване, но употребата на една капка не причинява вреда. Довеждането на капка от същия разтвор до pH 3,4 няма да причини дискомфорт.
Високите концентрации на фосфорна киселина могат да разядат всички тъкани в контакт с нея. Концентрация от 75 процента или по-висока може да причини сериозни изгаряния на кожата. Вдишването на пара или мъгла може да причини дразнене на очите, носа, гърлото и дихателните пътища или кашлица. След поглъщане може да причини гадене, повръщане, коремна болка, кървава диария, ацидоза, шок, както и дразнене или изгаряне на устната и фарингеалната лигавица, хранопровода и стомаха. Когато се използва като почистващ препарат за метал, фосфорната киселина може да реагира с примесите в метала, освобождавайки газ фосфин.